연구
rdkit으로 SMILES를 canonical smiles로 바꾸는 법
햎피
2022. 9. 14. 23:39
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rdkit을 이용해서 compound의 SMILES를 canonical, 또는 isomeric SMILES로 바꾸는 방법이다.
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import MolFromSmiles
import rdkit
ligand = 'CC1=C2C=C(C=CC2=NN1)C3=CC(=CN=C3)OCC(CC4=CC=CC=C4)N'
can_smi = Chem.MolToSmiles(Chem.MolFromSmiles(ligand),canonical=True)
iso_smi = Chem.MolToSmiles(Chem.MolFromSmiles(ligand),isomericSmiles=True)
print(can_smi)
print(iso_smi)Cc1[nH]nc2ccc(-c3cncc(OCC(N)Cc4ccccc4)c3)cc12
Cc1[nH]nc2ccc(-c3cncc(OCC(N)Cc4ccccc4)c3)cc12반응형