scaffold의 의미

scaffold : 화합물의 코어 구조를 의미 (functional group)

Activity와의 관련성 :

    1. target에 active한 구조 prototype확인하고, 타겟에 specific하게 active한 compound 만들기 (privileged substructures)

    2. compound에서 구조적으로 다른 scaffold인데 같은 activity를 가지는지 확인하기 (scaffold hopping)

 

scaffold를 정의하는 방법 :

1. compound 집합에서 MCS (maximum common substructure) 계산

2. MMP(matched molecular pairs) 계산

    - compound의 single site에서 변화가 있을 때만 compound pair로 묶음

    - chemicalluy intuitive하고, 계산적으로도 효율적임

    - core 구조 표현을 만들어 낼 수 있음

    -단점 : 유사한 compound pair로 얻은 코어 구조는 중요하지 않은 부분들을 core 구조에 포함시킬 수 있음, 따라서 다양한 MMP 코어 구조를 고려해야함. 

3. Bemis and Murcko

   -compound가 R-group, linker, ring system으로 나누어짐

    - ring system, linker를 가진 R-group을 모두 제거하는 것으로 scaffold를 얻음

    -carbon에 대한 모든 heteroatom과 모든 bond를 1로 변경해서 generalize할 수 있고, graph나 cyclic skeleton(CSK)으로 표현할 수 있음.

 

아래는 scaffold 정의 방법에 따라 compound scaffold를 나타낸것임.

 

출처 : 'Computational Exploration of Molecular Scaffolds in Medicinal Chemistry' 

Hu, Ye, Dagmar Stumpfe, and Jürgen Bajorath. "Computational exploration of molecular scaffolds in medicinal chemistry: Miniperspective." Journal of medicinal chemistry 59.9 (2016): 4062-4076.