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HMMER은 시퀀스 분석을 위한 소프트웨어 패키지이다.
homologous protein이나 nucleotide sequence를 확인하기 위해서 사용되고, sequence alignment를 수행한다.
시퀀스의 profile-HMM을 비교해서 homology를 탐지한다.
null model 과 비교해서 더 좋은 score를 내는 시퀀스가 profie-HMM을 구성한 시퀀스와 homologous하다는 것을 의미한다.
profile-HMM은 multiple sequence alignment로 만들어진다.(HMMER 패키지 내의 hmmbuild program 사용)
HMMER는 pFam과 InterPRo와 같은 protein family database의 core utility이다.
Profile HMM
profile HMM은 multiple sequence alignment를 position specific scoring system으로 바꾼다.
시퀀스를 align하고 homologous 시퀀스를 db에서 찾을 수 있다.
다음 포스팅에서 profile HMM에 대해서 더 자세히 알아보겠다.
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