SSPro 프로그램을 사용해서 단백질의 2차구조를 예측하는 방법이다.
먼저 프로그램을 다운로드 받는다.
UCI :: Institute for Genomics and Bioinformatics - Download Page
Welcome to the SCRATCH download page. Reminder: We will be moving our servers on January 8, 2007 to a different facility. Please expect a 24 hour downtime. Thank you for your patience! --> Thank you for your interest. All software and related material cont
download.igb.uci.edu
그러면 아래와 같은 페이지가 나오는데
나는 리눅스에서 2021, 2020,2018 버전이 모두 안돌아갔다.
결국 2015버전을 다운로드받았다.
파일을 압축해제를 해준다.
tar -xvf SCRATCH-1D_1.1.tar.gz폴더에 들어가서 install.pl 파일을 실행해준다.
그러면 성공적으로 설치가 된다.
bin 폴더 안에 들어가서 예제를 테스트해 볼수도 있다.
입력으로 들어가는 파일을 자세히 살펴보자면,
test.fast 파일은 아래와 같이 생겼다.
이렇게해서 나온 예측 결과는 두개인데, 하나는 solvent accessibility
다른 하나는 secondary structure이다.
이렇게 2차구조 예측을 했다..!!
사실 2021버전을 디버깅하는데 거의 하루이상이 걸렸다. 하지만, 그래도 에러 해결을 못했었다..
절망하는 심정으로 2018 버전도 다운받았는데,, 역시 디버깅을 3~4시간정도 하다가 2015버전을 받은 거였다.
2015버전은 그래도 잘 돌아가서 다행이다..!!
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